Allen dilahirkan pada 16 April 1894 di Donegal, Ireland. Ibu bapanya ialah Samuel Allen, seorang menteri Methodist, dan Eliza Anne Allen (née Vance).[3]

Allen dibesarkan di Belfast, selepas bapanya berpindah ke kementerian di sana. Dari 1907 beliau menghadiri Methodist College Belfast, di mana beliau berada dalam Ragbi pertama XV dan Kriket pertama XI.[4] Beliau lulus dalam bidang perubatan dari Queen's University Belfast.